1、建筑与土木工程领域：建筑与土木工程是国家最早批准开展工程硕士培养的领域之一，隶属我院土木工程一级学科，研究方向涉及岩土工程、结构工程、桥梁与隧道工程、防灾减灾与防护工程、市政环境工程、港口航道工程、地质勘探工程、水利水电工程、工程建造与项目管理等学科范畴。从1998年起，建筑与土木工程领域依托岩土工程国家重点学科、土木工程江苏省优势学科以及研究所、实验中心的科研实力，为交通能源、房屋建筑、桥梁隧道、港口航道、水利水电、地质勘测等行业培养了大批的工程建设、勘测设计与项目管理人才。2010年被评为全国60所创新院校的创新工程领域，具有良好的社会影响力。
2、交通运输工程领域：交通工程一级学科涵盖道路与铁道工程、交通运输规划与管理、交通控制与信息以及载运工具应用4个二级学科。2000年河海大学被授权建立交通运输规划与管理硕士点，2006年被批准在交通运输工程领域培养工程硕士。交通运输工程领域研究方向涉及公路、桥梁、港口、水运、铁路、隧道、市政、航空等交通设施建设、交通规划设计与交通管理等行业。依托学院优势学科和学科建设创新平台，先后获国家科技进步一等奖和江苏省科技进步特等奖等。该领域为交通运输、市政建设、港口航道及土木工程建设等行业培养了一批高层次、复合型、应用型工程技术与工程管理人才。